TỔNG MỤC BỘ HẢI THƯỢNG Y TÔN TÂM LĨNH (NXB KHAI TRÍ)
1. Tập Thủ: Dạy lúc mới học thuốc.
2. Tập Nội Kinh: Lời hoàng Đế hỏi và Kỳ Bá thưa.
3. Tập Y gia quan miện: Kinh lạc và mạch lạc.
4. Tập Dược phẩm: Tính chất của từng vị thuốc.
5. Tập Y hải cầu nguyên: Giải thích những câu cách ngôn.
6. Tập Châu ngọc: Ghi mọi sáng kiến và phép chữa thổ tả, phép nấu cao, chế sâm và quế.
7. Tập Đạo lưu dư vận: Nói về những nghĩa trong sách thuốc.
8. Tập Bách bệnh cơ yếu: Nói về căn bệnh và phép chữa.
9. Tâp Y trung quan kiện: Tóm lược các bệnh và phép chữa.
10. Tập Huyền tẫn phát vi: Nói về thủy hỏa và phép chữa.
11. Tập Khôn hóa thái chân: Nói về khí huyết và phép chữa.
12. Tập Tâm đắc thần phương: Xếp những bài thuốc cổ thần hiệu.
13. Tập Hiệu phỏng tân phương: Xếp những phương tiên sinh mới sáng chế.
14. Tập Ngoại cảm: Phép chữa các chứng ngoại (Nguyên chia thượng, trung và hạ).
15. Tập Ma chẩn chuẩn thằng: Phép chữa ban sởi.
16. Tập Dương án Âm án: Ghi những bệnh nặng tiên sinh đã chữa khỏi, và không chữa khỏi. (Nguyên 2 tập).
17. Tập Lĩnh nam bảo thảo: Tính chất các vị thuốc Nam.
18. Tập Bách gia chân tàng: Ghi mọi phương thuốc gia truyền.
19. Tập Hành giản chân như: Ghi những phương thuốc ít vị và rẻ tiền dễ tìm (Nguyên có thượng và hạ).
20. Tập Nhật: Ghi các vị của từng bài thuốc.
21. Tập Phụ đạo xán nhiên: Môn chữa đàn bà (Nguyên có tiền và hậu).
22. Tập Tọa thảo: Lúc sanh đẻ.
23. Tập Ấu ấu tu tri: Môn chữa trẻ em (Theo thứ tự ngũ hành, nguyên mất tập Hỏa, còn Kim, Mộc, Thổ, Thủy).
24. Tập Vận khí: Nói khí hậu trong 60 năm.
25. Tập Vĩ (cuối): Ghi việc ra kinh đô Thăng Long để chữa cho vua Lê và Thái tử.
Bộ sách chia thành 5 quyển
Quyển 1: Từ tập 1-4: Tập thủ, Nội kinh, Mạch lạc (quan miện), tính dược.
Quyển 2: Từ tập 5-9: Y lý (thuật cổ và sáng kiến).
Quyển 3: Từ tập 10 - 16: Thủy hỏa, Khí huyết, Thần phương, Tân phương, Ngoại cảm, Ban sởi, Dương án, Âm án.
Quyển 4: Từ tập 17 - 20: Thuốc Nam, Thuốc gia truyền, Thuốc đơn giản, Các bài thuốc.
Quyển 5: Từ tập 21 - 25: Phụ khoa, Nhi khoa, Vận khí, Tập vĩ.
